Ως χημική ουσία, τα απολυμαντικά απαιτούν ιδιαίτερη προσοχή στη θέση αποθήκευσης τους. Γενικά, τα απολυμαντικά πρέπει να φυλάσσονται σε καλά-αεριζόμενο, ξηρό μέρος, μακριά από το άμεσο ηλιακό φως και την πρόσβαση των παιδιών, όπως ένα δροσερό, ξηρό μέρος, όπως αποθήκη, ντουλάπι ή κουτί. Επιπλέον, θα πρέπει να φυλάσσονται μακριά από τρόφιμα και ποτά για να αποφευχθεί η τυχαία κατάποση ή κακή χρήση. Εάν το απολυμαντικό είναι υγρό, θα πρέπει να φυλάσσεται σε σφραγισμένο δοχείο για να αποφευχθεί η διαρροή. Κατά την αποθήκευση, θα πρέπει να φυλάσσεται χωριστά από άλλα χημικά για την αποφυγή ατυχημάτων.
