Η αποθήκευση απολυμαντικών απαιτεί προσοχή σε διάφορες πτυχές. Πρώτον, τα απολυμαντικά πρέπει να φυλάσσονται σε ξηρό, δροσερό και καλά αεριζόμενο{{1} μέρος. Οι υψηλές θερμοκρασίες και η υγρασία μπορεί να προκαλέσουν αποσύνθεση ή φθορά των απολυμαντικών, μειώνοντας την απόδοσή τους. Σε υψηλές θερμοκρασίες, ορισμένα συστατικά του απολυμαντικού ενδέχεται να υποστούν χημικές αντιδράσεις, μειώνοντας σημαντικά τη βακτηριοκτόνο δράση του. ενώ η υγρασία μπορεί να αναγκάσει το απολυμαντικό να απορροφήσει υγρασία, επηρεάζοντας τη σταθερότητα και την αποτελεσματικότητά του. Δεύτερον, το άμεσο ηλιακό φως πρέπει να αποφεύγεται. Οι υπεριώδεις ακτίνες στο ηλιακό φως μπορούν να βλάψουν τα συστατικά του απολυμαντικού, επιταχύνοντας τη διαδικασία φθοράς του. Ταυτόχρονα, θα πρέπει να τηρούνται οι απαιτήσεις αποθήκευσης των απολυμαντικών, με προσοχή στην ημερομηνία λήξης και αποφεύγοντας τη χρήση απολυμαντικών που έχουν λήξει. Τα ληγμένα απολυμαντικά μπορεί να έχουν αλλάξει στην απόδοση, αποτυγχάνοντας να επιτύχουν το αναμενόμενο βακτηριοκτόνο αποτέλεσμα και μπορεί ακόμη και να έχουν δυσμενείς επιπτώσεις στο σύστημα. Επιπλέον, για ορισμένα απολυμαντικά με ειδικές ιδιότητες, όπως εύφλεκτα, εκρηκτικά ή τοξικά απολυμαντικά, απαιτούνται ειδικά μέτρα αποθήκευσης για τη διασφάλιση της ασφάλειας του περιβάλλοντος αποθήκευσης και την πρόληψη ατυχημάτων. Κατά τη διάρκεια της αποθήκευσης, τα απολυμαντικά θα πρέπει επίσης να φυλάσσονται χωριστά από άλλα αντικείμενα για την αποφυγή αμοιβαίων παρεμβολών.
